Flora und Fauna des Naturparks sind von überregionaler Bedeutung. Das Überleben der Arten und der Erhalt von Biodiversität ist ein weltweites Anliegen.
Im Jahr 1992 wurde in der Europäischen Union der Aufbau eines Netzes von Schutzgebieten, sogenannten FFH-Gebieten, nach der Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie im Programm „Natura 2000“ beschlossen.
Die 12 Flora-Fauna-Habitat-Gebiete (FFH-Gebiete) im Gebiet des Naturpark Schwalm-Nette:
Nette bei Vinkrath
Krickenbecker Seen und der Kleine De Witt-See
Wälder und Heiden bei Brüggen-Bracht
Elmpter Schwalmbruch
Tantelbruch mit Elmpter Bachtal und Teilen der Schwalmaue
Lüsekamp und Boschbeek
Meinweg mit Ritzroder Dünen
Schwalm, Knippertzbach, Raderveekes und Lüttelforster Bruch
Helpensteiner Bachtal-Rothenbach
Schaagbachtal
